Tuyên Tổ đại vương đương thời phải giáp mặt cùng nhiều khó khăn để qiải quyết và đối phó với cả hai mối đe dọa mới. Ông cử nhiều vị tướng có tài cầm quân lên biên giới phía Bắc, trong khi ở phía Nam thì ông chỉ đàm phán với Chức Điền Tín Trường, Phong Thần Tú Cát và Đức Xuyên Gia Khang và lơi lỏng sự bố phòng. Tuy nhiên, sau khi Phong Thần Tú Cát thống nhất Nhật Bản, người Nhật đã nhanh chóng sớm chứng tỏ mình mới thực sự là mối đe dọa của Triều Tiên. Người Triều Tiên bắt đầu quan ngại và lo sợ rằng đất nước mình sẽ bị xâm lăng bởi Nhật Bản. Nhiều quan lại đã khẩn thiết yêu cầu nhà vua gửi sứ thần đến gặp Phong Thần Tú Cát, mục đích chính của họ là để tìm hiểu xem liệu có phải ông ta đang chuẩn bị cho cuộc xâm lược hay không.

Tuy nhiên, hai phái đứng đầu triều đình đã không đồng ý về vấn đề mang tầm quan trọng của đất nước, vì thế một thỏa hiệp đã được thực hiện và mỗi nhóm sẽ cử một đại diện đến gặp Phong Thần Tú Cát. Khi trở về, báo cáo của các vị đại biểu đã gây ra sự nhầm lẫn và tranh cãi nhiều hơn. Hwang Yun-gil của phái Tây Nhân bảo rằng Hideyoshi đã nâng cao thêm số lượng rất lớn cho quân đội, nhưng Kim Seong-il của phái Đông Nhân lại cho rằng những lực lượng lớn không phải là để chuẩn bị cho cuộc chiến tranh Triều Tiên, kể từ lúc ông ta cố gắng hoàn thành những cải cách của mình một cách nhanh chóng để ngăn chặn tình trạng vô kỉ luật và dẹp bỏ nạn cướp bóc đang lan xuống nông thôn. Khi mà phái Đông Nhân đang có tiếng nói trong triều đình lúc bấy giờ thì thông báo của Hwang đã bị bỏ qua, và Tuyên Tổ quyết định không chuẩn bị cho chiến tranh, mặc dù thái độ và lời lẽ của Phong Thần Tú Cát, trong bức thư gửi cho nhà vua rõ ràng cho thấy sự quan tâm của mình trong cuộc chinh phục của châu Á.

Trong Chiến tranh Nhật Bản - Triều Tiên (1592 - 1598), mặc dù Triều Tiên giành được thắng lợi nhưng chiến tranh đã làm cho đất nước bị suy kiệt hết sức nặng nề. Mà các triều đại sau này không bao giờ có thể lấy lại được sự thịnh vượng như trước đây.